Çapraşık dişler veya yanlış çene gelişiminden sadece kalıtsal faktörler sorumlu değildir. Kafa ve yüz kemiklerindeki şeklin oluşmasında kalıtsal faktörler %20 oranında etkilidirler. Fonksiyon şeklin oluşmasında en önemli faktördür.

​

Altta yatan nedenler yanlış miyofonksiyonel alışkanlıklar olarak bilinen ağızdan nefes alma, dilin ağız içinde yanlış konumlanması, ters yutkunma ve parmak emme alışkanlığıdır. Dil ve dudaklar düzgün çalışmıyorsa, sonuç çapraşık dişler ve gelişmemiş çenelerdir.